Maestro de la montaña
Ha pasado un tiempo tras lo ocurrido con Unagami y el equipo ninja está aburrido y arreglando las cosas en el templo, cuando un día, un cartero trae una carta que viene de un lugar llamado Shintaro, resulta ser de un extraño reino al norte de Ninjago en una montaña poblado por gente que puede volar. La carta es una invitación al cumpleaños de la princesa Vania, hija del rey de Shintaro, el rey Vangelis.
El viaje resulta ser un poco accidentado tras ser atacados por murciélagos gigantes. Pero son salvados por la guardia del rey y escoltados hasta el reino, la ciudad de Marfil de Shintaro, donde son recibidos por el rey y su hija.
Por la noche, cuando Cole estaba durmiendo, se despierta por la presencia de una criatura en su habitación, un duende azul enano, que además descubre algo impactante, el duende tiene un collar, con los retratos de sus padres, Lou y Lilly.
Pero el duende se echa a la fuga y desaparece. Tras compartir lo que ha descubierto con el resto del equipo, estos no le creen. Pero, Vania, la princesa, sí le cree, comentandole que de pequeña, vio una criatura parecida, que salía de un respiradero del subsuelo, además le contó de que antes de que su gente se asentará en la montaña, hubo una ciudad en el subsuelo, llena de minas y pasadizos gobernado por un hechicero llamado Hazza D´ur. Vangelis prohibió que nadie entrará en las cuevas diciendo que eran peligrosas. Los dos entran en la mina e increíblemente descubren que está poblado. Una enorme cueva donde había una fortaleza custodiada por esqueletos negros que obligaban a unas criaturas a trabajar como esclavos, sacando piedras.
Cole sale para liberar a dichos seres, pero se da cuenta de que las piedras de las que estaba rodeado eran de Vengstone, el único material que anula los poderes elementales. De repente de la fortaleza, sale el que parece ser el jefe de los esqueletos, el Brujo de los Muertos, usando una rara calavera verde mágica, la Calavera de Hazza D´ur.
Cole intenta enfrentarse a los esqueletos, pero el Brujo levanta a sus guerreros caídos usando la Calavera y acaba encadenado.
Vania avisa a su padre y a los ninjas sobre la captura de Cole. El rey decide que se encargará personalmente, pero los ninjas deciden ir por su cuenta al subsuelo para salvar a su amigo.
En las cuevas, Cole descubre que los esclavos, están divididos entre dos especies que habitan la montaña, los geckle, cuyos nombres siempre acaban en g.
Y los munce, cuyos nombres siempre acaban en m. Además parecen estar enfrentados por una razón que Cole no entiende.
Los ninjas intentan salvar a Cole, pero fracasan cuando el Brujo de los Muertos les descubre. Y los seis acaban encadenados también.
Tras ser encerrados, los ninjas preguntan a los geckle y a los munce cual es la causa de su pelea:
Hace muchos años, un guerrero de la superficie (llamado Gilly por los geckle y Milly por los munce), llegó a la montaña. Las dos especies vivían con miedo de un gigantesco dragón que habitaba en la montaña, el Portador del Dolor. El guerrero luchó contra la bestia por días, hasta que lo derrotó. Pero antes de largarse, dio un regalo a las dos especies, las espadas que, según la leyenda, usó para derrotar al dragón, uno para cada especie. La Espada de Marfil de la Liberación y la Espada Oscura de la Liberación.
La causa de su pelea es que ambos acusan al otro de haber robado su respectiva espada hace tiempo. Los ninjas deducen al instante, que tal vez el Brujo fue el ladrón y así consiguió esclavizarlos, ya que no paran de pelearse.
Los ninjas consiguen hacer una tregua entre las dos especies, pero en la huida, se separan. Kai y Zane escapan con los geckle. Lloyd, Nya y Jay con los munce. Y Cole desaparece siendo perseguido por el Brujo.
Lloyd, Nya y Jay llegan a las cuevas de los munce, donde son atendidos por la reina de los munce, Murtessa, que se enamora de Jay y le pide que se case con ella.
Nya, enfadada, desafía a la reina y ambas acaban en un combate en el que Nya gana y es proclamada popularmente como nueva reina.
Mientras, Zane y Kai acaban los geckle y tras enfrentarse a un rinoceronte gigante, los geckle proclaman a Kai como su nuevo líder. Los dos piden a los geckle que le expliquen sobre el Brujo de los Muertos. Según la historia, 3 exploradores entraron en las cuevas prohibidas de la montaña, donde encontraron una calavera mágica, la Calavera de Hazza D´ur, que despertó a un antiguo mal, El Brujo de los Muertos y a su malvado ejército.
Cole, tras sufrir mil penurias, fue salvado por Vania y se dirigieron junto con Wu a avisar a Vangelis. Pero Vangelis, de repente, saca de su trono la Calavera, demostrando que él es el Brujo de los Muertos.
Vangelis les revela, que con tal de mantener su reino precioso y perfecto, esclavizó a las criaturas de la montaña para sacar Vengstone y venderlo al mejor postor. Después, abre una trampa por la que caen Cole, Vania y Wu.
Finalmente los tres acaban en lo más profundo de la montaña donde encuentran a un trío de personas atrapadas en las minas, y resultan ser los 3 exploradores que buscaron la Calavera, Fungus, el mago. Plundar, el ladrón. Y Korgran de Metalonia.
Estos les explican que hace años fueron reclamados por el rey Vangelis para extraer de las minas la Calavera y después ser destruida por el rey. Los exploradores encontraron a Calavera y se la llevaron a Vangelis, pero tras revelar que en realidad se la iba a quedar, los exploradores caen en la misma trampa que cayeron Cole, Wu y Vania.
El grupo decide ponerse en marcha para detener a Vangelis y encontrar a sus amigos. En el camino, Cole comenta que siente que su madre, Lilly, estuvo ,de alguna manera, conectada a la montaña. Wu le explica que Lilly le contó una vez, que cuando un maestro está rodeado de su elemento, su poder es todavía mayor. Usando su poder, encuentra un camino que le lleva a un extraño lugar.
Mientras los demás ninjas convencen a las respectivas especies a ir a una reunión para unirse contra el Brujo. Pero antes, Kai y Zane hablan con uno de los geckle, llamado Gluck, que les revela que él era la criatura que asustó a Cole. Él creyó que había vuelto, Gilly, además reveló que podía controlar el elemento de la tierra. Kai y Zane caen en la cuenta de que Gilly era Lilly, la madre de Cole.
Vangelis descubre, por medio de la Calavera, la reunión y decide despertar al ser que más temen los geckle y los munce, el dragón de la montaña, el Portador del Dolor. El dragón ataca a los ninjas y a sus aliados, pero consiguen escapar.
Mientras, Cole y sus compañeros acaban en un inmenso templo, que según Wu, es el Corazón de la Montaña, el templo de los Maestros de la Tierra, donde se guarda el secreto del Estallido de Spinjitzu. Un arte marcial antiguo que solo lo consigue dominar un maestro cuando está rodeado por su elemento.
Lilly fue de los pocos maestros que estuvo a punto de controlarlo, pero enfermó y murió antes de que lo descubriera. Cole al principio duda de poder usar el poder del Estallido de Spinjitzu, ya que cree que lo que le daba ese poder eran las espadas que regaló a los geckles y munce. Pero finalmente, Cole reactiva un mecha de piedra con el que vuelven a la superficie.
Los ninjas, geckles y munce son atrapados y devueltos a las minas. El Brujo revela su verdadera identidad a los ninjas, para después revelarles que van a ser destruidos por su dragón. Además demuestra las Espadas de la Liberación, que él robó. Pero Cole y su grupo y la gente de la Ciudad de Shintaro llegan a salvar a sus amigos. Tras recuperar las espadas, Cole se enfrenta al Brujo y a la Calavera. Este le revela que las Espadas en realidad no son mágicas y que Lilly solo dio las espadas a los geckles y munce para inspirarles algo de valor y esperanza. La Calavera acaba destruyendo las Espadas. Finalmente, Cole recordando las palabras de su madre antes de morir, Cole demuestra el poder del Estallido de Spinjitzu, destruyendo la Calavera y por tanto, al dragón y a su ejército.
Vangelis es arrestado, Vania es declarada nueva reina de Shintaro, los geckles y munce declaran la paz y los ninjas toman su barco en dirección a nuevas aventuras.