Temporada anacondrai
Con Zane muerto, los ninjas se separaron y cada uno eligió un camino:
Lloyd siguió defendiendo Ninjago y entrenando con Wu y Garmadon.
Cole trabajó en un pueblo de leñadores.
Jay creó su propia serie de televisión.
Kai siguió luchando, no para defender a los débiles sino para ganarse el pan.
Un día Lloyd que había reunido al antiguo equipo en un restaurante, llegaron unos tipos que intentaron robar el dinero, pero los ninjas los detuvieron. Se encontraron un papel en un callejón que decía ¡¡que Zane estaba vivo!! También había unas galletas de la fortuna con mensajes dentro que decían que el Maestro Chen les había invitado al Torneo de los Elementos. Se sabe en todo Ninjago que Chen es un propietario de un cadena de restaurantes. Pero también ha creado un torneo en el que van a competir los luchadores elementales.
Bolobo: maestro de la naturaleza, puede hacer salir ramas y raíces por todas partes lo que puede inmovilizar y se comunica por gestos.
Mr Pale: maestro de la luz, puede hacerse invisible.
Karlof: maestro del metal, muy fuerte, puede convertirse en metal, solo habla en tercera persona y muy cascarrabias.
Tox: maestra del veneno, puede lanzar nubes tóxicas que te desmayan.
Shade: maestro de las sombras, puede convertirse en una sombra, muy solitario.
Ash: maestro del humo, puede teletransportarse y lanzar humo, muy vanidoso.
Neuro: maestro de la mente, puede leer la mente, predecir el siguiente movimiento del atacante y producir dolores de cabeza.
Gravis: maestro de la gravedad, puede volar y levitar cosas.
Griffin Turner: maestro de la velocidad, puede correr a grandes velocidades. Habla rápido, come rápido, todo lo hace rápido.
Jacob Pevsner: maestro del sonido, puede crear ondas musicales, es bajito y ciego, pero tiene un oído impresionante.
Chamille: maestra de la forma, puede adoptar la forma de otro para despistar. Casi hace trampas en los juegos y no siempre se puede confiar en ella.
Skylor: maestra del ámbar, puede absorber poderes elementales.
Los ninjas llegaron a un ferry donde encontraron a los luchadores elementales, y a un hombre llamado Clouse.
Garmadon dijo que iría con los ninjas y les contó que conoció a Chen y a Clouse cuando era joven. Chen era su sensei, pero este durante las guerras Serpentine se unió a las serpientes. Por algo el símbolo de Chen es la anacondrai y sembró la discordia entre los maestros elementales, los maestros guardianes del spinjitzu, cada uno dotado de un poder que el primer Maestro del Spinjitzu les concedió para proteger Ninjago.
Cuando llegaron a la isla de Chen, el maestro Chen les explicó que habrá unos combates en el que los luchadores pelearán por una espada de jade, hecho con hueso de serpiente, el último que quedé se podrá quedar en la isla y tendrá fideos de Chen de forma vital, el primer combate era reunir todas las espadas de jade o sea 15 y como hay 16 luchadores, el que vuelva sin espada queda descalificado y resultó ser Karlof. Por la noche los ninjas descubrieron un templo anacondrai donde Chen tenía un cetro que absorbió el poder de Karlof y se dieron cuenta de que el torneo estaba para robar los poderes a los que pierden.
El Torneo fue avanzando y los ninjas perdieron a Cole. Este descubrió que los que pierden trabajan a la fuerza en la fábrica de fideos de Chen. Tiempo después, encontró a Zane pero en cuerpo de nindroide.
Los ninjas tuvieron que contar a los luchadores restantes que Chen estaba robando los poderes para un hechizo. En la competición anterior a la ronda final, en vez de conseguir una espada de jade había que encontrar una chica en la selva y resultó ser Nya. Los luchadores fueron capturados por los esbirros de Chen excepto Lloyd y Garmadon. Kai se enteró que Skylor trabaja para Chen, porque dijo que es su padre.
Garmadon contó a Lloyd que cuando el Gran Devorador le mordió se fue a entrenar con Chen. Lo malo era que competía contra Clouse, ya que es un maestro de las artes oscuras, pero Garmadon utilizó su spinjitzu y Chen lo nombró su ayudante y le concedió el título de Lord.
Era una época en la que los serpentine estaban destruyendo Ninjago, por lo que los maestros elementales se unieron y fueron derrotando tribu por tribu, pero no habían visto algo como un guerrero anacondrai. Los anacondrai eran más grandes, más fuertes, más listos, los líderes en los campos de batalla. Era una tribu orgullosa, que peleó por cada gota de veneno, no había mejores guerreros en el área y con ellos al mando, la tregua era imposible. Su lema era “sólo uno puede prevalecer”. Chen sabía que tendría más poder si se aliaba con los serpentine y para convencer a Garmadon, le trajo una carta de su hermano Wu que había enviado a Misako, una carta de amor. Garmadon, que también estaba enamorado de Misako, cambió la firma de Wu por la suya y Misako se casó con Garmadon. Durante toda su vida, Wu no se atrevió a preguntarle a su hermano como consiguió enviar una carta antes que él, ni tampoco Garmadon decirle que cambió la firma. Después Garmadon se unió a su hermano y a los maestros elementales para luchar contra los anacondrai, pero Chen encontró la forma de que los maestros elementales se pelearan entre sí, y en su peor momento, Garmadon encontró esperanza. Un hombre estaba encantando una serpiente pequeña con una flauta y pensó que si las flautas sirven con las serpientes pequeñas ¿por qué no con las grandes? Así se encontró la forma de acabar la guerra. Los serpentine fueron encerrados en tumbas. Chen y Clouse fueron exiliados y a los generales anacondrai se les dio la sentencia más estricta, el destierro al Reino Maldito, para que jamás volvieran a Ninjago.
Cole, que había conseguido escapar y rescatar a Zane, regresó con él a la fábrica para rescatar a los luchadores elementales. Zane tenía la idea de ir por las tuberías pero Dareth, que había venido con Nya, fue atrapado por los esbirros de Chen comiendo y como pesaba demasiado, las tuberías se romperían si los luchadores iban por allí, pero Dareth dio la idea de usar el metal de la fábrica para hacer un rotojet.
Cuando lo terminaron y salieron de la fábrica, llegaron al templo anacondrai donde salvaron a Garmadon y a Nya de un anacondrai gigante. También salvaron a Lloyd, al cual Chen le había robado su poder, pero Kai, que se había pasado por un aliado de Chen y había convencido a Skylor de pasarse al lado de los luchadores, rompió el cetro de Chen y los poderes volvieron a los luchadores. Lloyd contó a los ninjas, incluso a Zane, que el hechizo era de transformación en anacondrai.
Chen quería el poder de los luchadores para transformar a sus seguidores y a él en anacondrai. Chen, que había escapado, supo que su hija había absorbido los poderes de los luchadores. Con ir a las cuevas de cristal del cetro, tenía todo y lo consiguió, todos los que han trabajado para Chen, o sea los que tienen el tatuaje de anacondrai, se convirtió en anacondrai incluyendo a Skylor y a Garmadon. Los luchadores consiguieron convocar a sus dragones elementales para volver a Ninjago. Chen había robado el rotojet y los helicópteros anacondrai.
Cuando llegan, ven que Chen no ha atacado, pronto descubren que es porque los esbirros de Chen habían leído incompleto el hechizo y eso hacía temporal la transformación. Pero Chen leyó que para que la transformación sea permanente hay que tomar la esencia de un verdadero anacondrai.
Los ninjas sabían que el ejército de Chen es casi imposible de detener, pero Wu tuvo la idea de buscar a alguien que conozca la tribu anacondrai, y es Pythor, el último anacondrai, que ahora estaba en la prisión Kriptarium, hogar de lo peor de lo peor en Ninjago. Pythor, que había encogido al tragarse la píldora de Borg para derrotar al Gran Tirano, fue encarcelado en Kriptarium.
Intentaron convencer a Pythor, pero los anacondrai de Chen raptaron a Pythor y Chen consigue hacer permanente la transformación. Tiempo después 20 camiones de Chen, parecían ir a ciudad Ninjago. Pero los luchadores les esperaban y de repente los camiones fueron en distintas direcciones, porque no solo iban a atacar ciudad Ninjago sino también iban a atacar aldeas. Cada luchador fue tras un camión, pero Skylor reveló que los luchadores no estaban alejando los camiones ¡sino ellos a los luchadores! Pronto vieron que los camiones estaban vacíos. Todo fue una trampa. La segunda guerra serpentine acaba de comenzar.
Los luchadores que no podían convocar sus dragones ya que tenían miedo, usaron los camiones. Chen había tomado el control del este y al día siguiente llegaría a ciudad Ninjago, pero había una forma de detenerlo en el Cuello de Botella, en los Cañones Eco junto al Corredor de los Concejales. Era el canal más angosto, ya que iban a enfrentar a todo el ejército de Chen, cuando Chen llega se le hace difícil pasar la defensa de los ninjas, pero finalmente lo pasa.
Pythor que cabalgaba en una rata de pantano, llegó hasta Lloyd, Garmadon y Wu y les dijo que para detener a Chen había que traer de vuelta a los generales anacondrai, pero Misako replicó que es imposible, porque nadie vuelve del Reino Maldito, a menos que el que los envió tome su lugar. Por lo que Garmadon tendría que ser enviado al Reino Maldito. Al principio, Lloyd no quería exiliarle pero después aceptó y al terminar el conjuro usando el libro de hechizos de Clouse que había sido enviado al Reino Maldito tiempo atrás, Chen y sus anacondrai son desterrados pero Garmadon también. Finalmente los ninjas se reúnen en una montaña mirando el cielo mientras en otra parte aparece una sombra extraña.