Temporada guerreros de piedra

Los ninjas siguen entrenando a Lloyd en un dojo de la ciudad donde el dueño del dojo, llamado Dareth, les acoje. Pero Lord Garmadon, teniendo las Armas, se proclama rey de las serpientes y los guía hasta las Cumbres Doradas, origen de las Armas Doradas. Allí crea una Mega-arma que controla los cuatro elementos.

Lord Garmadon descubrió que la Mega-arma no puede destruir sino crear. Lo malo es que cuando alguien usa su poder drena toda la energía de su cuerpo y lo debilita durante una horas, por lo que Lord Garmadon solo lo puede usar una vez al día.

Lord Garmadon varias veces crea cosas para derrotar a los ninjas: 

-Los piratas del capitán Soto, un pirata que murió ahogado en el mar y Lord Garmadon lo devolvió a la vida accidentalmente. 

-Unos duplicados de los ninjas que gracias a Lloyd fueron destruidos. 

-Un grundall: una especie de monstruo parecido a un tiranosaurio que está extinto. El hechizo que utilizó Lord Garmadon para resucitarlo también afectó a los ninjas y los devolvió a su infancia. Gracias al té del viajero, destruyeron al grundall y volvieron a su madurez, pero Lloyd, que estaba cerca, se volvió adolescente. Finalmente  Lord Garmadon viajó al pasado para que Lloyd no se convirtiera en el ninja verde. Por eso evitó que los esqueletos secuestraran a Nya. Los ninjas tuvieron que entregarla a los esqueletos para que Kai entrenara y así reunir al resto del grupo. Lord Garmadon se enfrentó al Kai del pasado para derrotarlo. Gracias a la aparición de Kai del presente y de las Armas Doradas sobrecargaron la Mega-arma enviándolo al espacio.

Lord Garmadon, al perder la Mega-arma, planea llegar a la Isla Oscura, una isla de pura maldad. Los ninjas tuvieron que ir al Museo de Historia Natural de Ninjago donde el veneno del Devorador alcanzó las cañerías y dio vida a unas estatuas. Finalmente, los ninjas y Wu encontraron a Misako, la madre de Lloyd. Lloyd se fue enfadado porque no había visto a su madre desde que le dejó en la escuela Darksley. Misako le explicó que le dejó para investigar sobre la batalla final, la batalla del bien contra el mal.

Porque cuando el Primer Maestro del Spinjitzu creó Ninjago, todo era bueno, pero donde hay luz, hay oscuridad. De la oscuridad más oscura salió un espíritu maligno llamado Gran Tirano o Señor Supremo.

La batalla entre el  primer Maestro del Spinjitzu y el Gran Tirano estaba muy igualada hasta que el Gran Tirano creó un ejército de guerreros indestructibles llamado el Ejército de Piedra, controlados por el Casco de la Oscuridad. El primer Maestro del Spinjitzu sabía que no aguantaría hasta que partió Ninjago en dos: Ninjago y la Isla Oscura, la mitad del ejército murió en la Isla Oscura y el Gran Tirano fue despojado de su forma física hasta convertirse en una orbe de energía oscura, la otra mitad quedó en Ninjago enterrada y dormida, ya que el Casco tiene un radio de control limitado y su efecto no llegaba.

Lord Garmadon fue traicionado por las serpientes y arrojado al mar, ya que las serpientes no le creían. Llegó a la Isla Oscura donde se encontró con el Gran Tirano, que se hizo pasar por su aliado, le guió al Casco que estaba en una montaña encima del Reloj Celestial, un reloj gigante que iniciaría la Batalla final. En Ciudad Ninjago el ejército de piedra se despertó y los ninjas consiguieron escapar. Podían llegar hasta Garmadon, pero era inútil luchar contra los guerreros. Misako descubrió que se podía derrotar al ejército con los poderes elementales, pero las Armas Doradas habían desaparecido, a menos que llegaran al Templo de la luz. Es verdad que el oro de las Armas era de las Cumbres Doradas, pero fueron forjadas en el Templo, donde quedó algo del oro en forma de espadas con un poder igual al de las Armas. Con ellas derrotarían al Ejército de piedra, pero el poder del ninja verde viene de los cuatro elementos Significa que Lloyd invocaría el poder del Dragón Dorado, el poder del Primer Maestro del Spinjitzu, un antiguo estilo de combate solo practicado por el Primer Maestro del Spinjitzu.

Los ninjas llegan a una isla de la Isla Oscura con el barco medio roto porque les atacaron unas estrellas dentadas de mar. Alcanzaron un faro-prisión y se encontraron con el doctor Julien Tribute: ¡¡¡el padre y creador de Zane!!! 

Según el banco de memoria de Zane, Julien había muerto tiempo despúes de apagar a Zane, pero Samukai le dio un elixir que lo devolvió a la vida, para que le fabricara unos vehículos sofisticados para su ejército. Como se negó, lo encarceló en el faro y ató un leviatán, una bestia de grandes dimensiones, junto al faro para vigilarlo. 

Cuando llegaron a la Isla, Lord Garmadon estaba preparando una Super-arma que disparaba maldad pura. Encontraron el Templo y consiguieron sus poderes, también Lloyd. Pero para Lord Garmadon y Lloyd enfrentarse es duro, ya que son padre e hijo. Por lo que Misako les explicó que si devolvían el Casco de la Oscuridad al Reloj Celestial, la Batalla final jamás iniciará. Pero llegan tarde y el Reloj lanza un rayo que completa el arma de Garmadon convirtiéndolo en el Garmatrón.

Lloyd, al saber que Garmadon va a usar el Garmatrón contra Ninjago intenta usar su poder para detenerlo, pero el Gran Tirano posee a Garmadon e inicia su transformación física, haciéndolo muy poderoso. Dispara contra aldeas de Ninjago gracias a la materia oscura, hasta vuelve mala a Nya. Abre un vórtice y va hacia ciudad Ninjago.

Lloyd se rompe una pierna y no llega a controlar su poder pero finalmente Misako demuestra que se puede volver usando el robot dorado del primer Maestro del Spinjitzu.

Usando el Ultradragón, regresan a Ninjago y descubren que el Gran Tirano ha recuperado su forma física en el Dragón Oscuro.

Lloyd evita usando su poder que el Gran Tirano le tire desde gran altura y finalmente se convierte en el máximo Maestro del Spinjitzu. Libera al Dragón Dorado y derrota al Gran Tirano. Cuando Lloyd vuelve con los ninjas, extraña a su padre pero de repente entre unos escombros aparece Garmadon, pero normal, la maldad que tenía ha desaparecido.